Ağoğlan monastırı Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2 avqust 2001-ci il tarixli 132 nömrəli qərarı ilə ölkə əhəmiyyətli memarlıq abidəsi kimi dövlət qeydiyyatına alınmışdır.

Ermənistan Respublikası 1992-ci ildə Azərbaycan ərazilərini işğal etdikdən sonra qeyri-qanuni olaraq Ağoğlan monastırının memarlıq quruluşunda və interyerində dəyişikliklər etmiş, divar yazılarını korlamış, abidənin divarları üzərində olan bir neçə daş yazıları, eləcə də xeyli sayda alban dövrünə məxsus bir çox ornament və simvolları tamamilə silmiş, onlardan bir çoxunun isə formalarını dəyişdirərək tanınmaz hala salmışlar.